La Asociación se financia con las cuotas de los socios además de alguna ayuda esporádica, no en especies, de organismos públicos: cesión de locales, publicaciones de actas, excursiones…

Una Junta formada por cinco profesores elegidos en asamblea dirige actualmente la AEPE. Cabe señalar que ninguno de ellos recibe remuneración alguna por su trabajo.

Por otra parte, el estado de cuentas es revisado anualmente por dos censores afiliados a la Asociación y elegidos en Asamblea.